Havhøst overordnede formål er at fremme regenerativ havkultivering forstået som dyrkning af spiselige afgrøder i havet, der både er med til at genskabe balance i de marine økosystemer og fungerer som bæredygtige fødekilder for mennesker.
Havhøst vil indgå i samarbejde med aktører fra ind-og udland, der kan styrke institutionens formålsparagraf, herunder offentlige instanser, virksomheder, producenter, foreninger og andre sammenslutninger, skoler og uddannelsesinstitutioner m.fl. Institutionen har desuden mulighed for på forskellig vis at indgå i etablering af nye juridiske enheder (virksomheder og foreninger).